A investigação foi baseada nos depoimentos de delação premiada do ex-vice-presidente de Fundos de Governo e Loterias da Caixa, Fábio Cleto, e doleiro Lúcio Funaro, que também foram condenados. Em um dos depoimentos, Cleto acusou Cunha de receber 80% da propina arrecadada entre empresas interessadas na liberação de verbas do FI-FGTS.
Na sentença, o juiz Vallisney Souza Oliveira disse que Eduardo Cunha tinha pleno conhecimento da ilicitude dos desvios de recursos e do recebimento de propina. Cunha já está preso, por determinação do juiz Sérgio Moro, após ter sido condenado em outro processo, da Operação Lava Jato, a 15 anos de prisão por recebimento de propina em contrato da Petrobras.
“Além disso, era figura central no esquema criminoso apurado, tendo feito do aparato estatal para a prática de crimes. Possuía boas condições financeiras e, apesar de todas essas circunstâncias, não deixou de cometer os graves delitos”, disse o juiz.